Rola wariantów receptorów DP prostanoidu pod względem podatności na astmę ad 6

Allele G + 894A i C + 367A były rzadkie, z częstością mniejszą niż procent w obu populacjach, i dlatego nie były dalej badane. Powiązanie między SNP
Wszystkie cztery powszechne SNP były do pewnego stopnia zaburzone w sprzężeniu (rysunek w dodatkowym dodatku). Synonimowy wariant regionu kodującego G + 1044A był prawie kompletnie nierównomierny w połączeniu z wariantem regionu 5 -flankującego T-197C. Haplotypy zostały zatem zdefiniowane przez trzy warianty regionu flankującego w 5 -końcu. Kombinacje wariantów regionu promotora użyto do zdefiniowania pięciu unikalnych haplotypów trzech SNP, z których cztery były powszechne (częstość większa niż 5 procent).
Transient-Transfection Analyzes
Stwierdziliśmy istotne różnice w aktywności promotora wśród wariantów haplotypowych po analizie przejściowej transfekcji w komórkach A549 (Figura 1B). Haplotyp z sekwencją TCT (pozycje promotora, -549, -441 i -197) był związany ze znacznie niższą aktywnością reportera, a haplotypowa CCC była związana ze znacznie wyższą aktywnością reportera niż haplotypy TTT i CCT: średnia (. SE) CCT aktywność, 3,2 . 0,07 względnych jednostek lucyferazy (RLU); średnia aktywność TTT, 2,8 . 0,18 RLU; średnia aktywność TCT, 2,4 . 0,07 RLU; i średnia aktywność CCC, 5,2 . 0,07 RLU, z odpowiednimi wartościami po odjęciu aktywności w tle wynoszącą 1,1 . 0,07 RLU, 0,7 . 0,19 RLU, 0,4 . 0,07 RLU i 3,1 . 0,07 RLU (średnia z pięciu eksperymentów; P <0,001 dla wszystkie porównania parami przez analizę wariancji z wyjątkiem porównania TCT z TTT, dla których P <0,05).
Wpływ wariantów na białka wiążące DNA
Ryc. 2. Ryc. 2. Testy przesunięć ruchliwości elektroforetycznej Wykazanie wpływu wariantów na profile wiązania czynników transkrypcyjnych. Panel A pokazuje specyficzne wiązanie białek jądrowych z regionem T-197C PTGDR. Opaska B preferencyjnie wiąże formę T (panel A, góra). Wiązanie Sp1, Sp2 i Sp3 wykazano za pomocą testu supershift (panel A, środek). Aktywność reportera PTGDR typu dzikiego jest znacznie zwiększona przez nadekspresję Sp1 w teście transaktywacji (panel A, dół). Panel B pokazuje specyficzne wiązanie białek jądrowych z regionem C-441T w PTGDR. Opaska B preferencyjnie wiąże formę T (panel B, góra). Wiązanie C / EBP. wykazano w teście supershift (panel B, w środku). Aktywność reportera PTGDR typu dzikiego jest znacznie zwiększona przez nadekspresję C / EBP. (Panel B, dół). Region T-549C PTGDR specyficznie wiąże białka jądrowe (panel C, góra), które obejmują członków rodziny GATA. GATA-2 i GATA-3 preferencyjnie wiążą formę C (panel C, środkowy). Aktywność reportera PTGDR typu dzikiego jest znacznie zwiększona przez nadekspresję GATA-3 (panel C, dół). OCT-1 oznacza oktamerowy czynnik transkrypcyjny 1.
Poszczególne warianty genetyczne były związane z różnymi powinowactwami lub wzorcami wiązania czynnika transkrypcji, wykazanymi w testach zmiany ruchliwości elektroforetycznej (Figura 2). Region zawierający wariant -197 związany z czynnikami transkrypcji Sp1, Sp2 i Sp3, zawierał konsensusowy motyw wiążący Sp1 i wykazywał znaczną aktywność reporterową, gdy Sp1 był dostarczany przez konstrukt ekspresyjny w typie komórki, który nie eksprymował ludzkiego Sp1. białka rodzinne (rysunek 2A)
[patrz też: gfr wg mdrd, guz na tarczycy, ile kosztuje rezonans magnetyczny ]
[patrz też: bart sulnowo, agmamito, gratka gniezno ]