Rola wariantów receptorów DP prostanoidu pod względem podatności na astmę ad 5

W analizach wieloczynnikowych uwzględniono płeć i wiek jako potencjalne zmienne towarzyszące. Udokumentowano dowody stratyfikacji populacji w naszych próbach kontrolnych, jak opisano wcześniej.15 W skrócie, 29 niepowiązanych SNP oddzielonych co najmniej 20 MB wybrano z projektu konsorcjum SNP (dostępnego pod adresem http://snp.cshl.org) i genotypowane w naszej białej populacji, a 29 niepołączonych synonimicznych SNP kodujących region z przewidywaną częstotliwością co najmniej 0,4 genotypowano w naszej czarnej populacji, jak wyszczególniono w dodatkowym dodatku. Statystyka testu z każdego SNP została zsumowana jako .2 s = .L i = 1.2 i, gdzie .2 i jest statystyką .2 obliczoną w locus i-tego znacznika, a L – zbiorem nieusuniętych loci markera. Zgodnie z hipotezą zerową, Ho, .2 s jest .2 rozproszone, a stopnie swobody są równe całkowitym stopniom swobody poszczególnych loci.
Użyliśmy oprogramowania S-Plus w wersji 6.1R3 (Mathsoft), oprogramowania Sib-Pair w wersji 0.99.9 (dostępnego pod adresem http://www2.qimr.edu.au/davidD/) oraz oprogramowania LogXact w wersji 4.1 (Cytel) do zarządzania i analizować dane. Wartości P zostały uzyskane w drodze symulacji empirycznej tam, gdzie było to możliwe. Wartość AP mniejsza niż 0,05 została uznana za wskazującą na istotność statystyczną.
Wyniki
Identyfikacja wariantów sekwencji
Rysunek 1. Rysunek 1. Ludzki gen PTGDR (panel A), aktywność wariantów promotora (panel B) i test immunoprecypitacji chromatyny regionu promotora PTGDR (panel C). Panel A pokazuje lokalizację, nukleotydy i przewidywane zmiany aminokwasów w PTGDR przypisane do wariantów wskazanych w stosunku do miejsca startowego ATG. Motywy wiążące transkrypcję czynnika, na które wpływają warianty promotora, są wskazane poniżej sekwencji wraz z wpływem na przewidywaną sekwencję aminokwasową. Panel B pokazuje konstrukty reporterowe zawierające 1102 bp regionu promotora PTGDR i różniące się tylko miejscami, które określają haplotypowe warianty PTGDR. Aktywność promotora haplotypu TCT jest znacząco niższa, a aktywność promotora haplotypu CCC jest znacznie wyższa niż haplotypów CCT i TTT (P <0,05 według testu Studenta-Newmana-Keulsa [oznaczonego strzałkami]). Wartości to średnie (+ SE) z pięciu eksperymentów. Stopień aktywacji jest wskazywany znakami plus, począwszy od minimalnej aktywacji (+) do skrajnie wysokich poziomów aktywacji (+++++). Te różnice w aktywności reporterowej wynikają z różnic w powinowactwie wiązania białka DNA. Panel C pokazuje wiązanie czynnika transkrypcyjnego z promotorem PTGDR wykrytym przez amplifikację PCR związanego DNA. Zwiększona wykrywalność jest obecna po związaniu przeciwciał specyficznych dla Sp1, Sp2, Sp3, C / EBP., GATA-1, GATA-2 i GATA-3 z białkami przyłączonymi do fragmentów chromatyny z receptorów prostaglandyny D2 eksprymujących komórki białaczki zasadowej (KU812) i eozynofile z krwi obwodowej.
Sekwencjonowanie ujawniło cztery nowe warianty PTGDR (T-549C, C + 367A, G + 894A i G + 1044A) i dwa wcześniej opisane warianty (T-197C i C-441T). Zidentyfikowaliśmy trzy warianty regionu 5 -flankującego (T-197C, C-441T i T-549C), jeden wariant missense (C + 367A, Leu123Ile) i dwa synonimiczne warianty regionu kodującego (G + 894A i G + 1044 A) (rysunek 1)
[hasła pokrewne: grzybek tybetanski, jagody goji działanie, ginko biloba ]
[patrz też: frezja mielec, sgb gryfice, wieliszew szpital ]